| 车次 | 出发站 | 开车时间 | 到达站 | 到达时间 |
| D4826 | 上海虹桥 | 01:00 | 南京南 | 02:19 |
| D4822 | 上海虹桥 | 02:47 | 南京南 | 04:06 |
| D4018 | 上海虹桥 | 05:01 | 南京南 | 07:00 |
| D352 | 上海虹桥 | 06:12 | 南京南 | 08:29 |
| D353 | 上海虹桥 | 06:12 | 南京南 | 08:29 |
| D636 | 上海虹桥 | 06:22 | 南京南 | 08:46 |
| D637 | 上海虹桥 | 06:22 | 南京南 | 08:46 |
| D4942 | 上海虹桥 | 06:53 | 南京南 | 09:24 |
| D2216 | 上海南 | 07:05 | 南京南 | 09:52 |
| D2217 | 上海南 | 07:05 | 南京南 | 09:52 |
| D3056 | 上海 | 07:23 | 南京南 | 09:37 |
| D3057 | 上海 | 07:23 | 南京南 | 09:37 |
| D2217 | 上海虹桥 | 07:34 | 南京南 | 09:52 |
| D2216 | 上海虹桥 | 07:34 | 南京南 | 09:52 |
| D2212 | 上海虹桥 | 07:41 | 南京南 | 10:16 |
| D2213 | 上海虹桥 | 07:41 | 南京南 | 10:16 |
| D952 | 上海 | 08:30 | 南京南 | 10:11 |
| D953 | 上海 | 08:30 | 南京南 | 10:11 |
| D3090 | 上海虹桥 | 08:59 | 南京南 | 11:15 |
| D3091 | 上海虹桥 | 08:59 | 南京南 | 11:15 |
| D3061 | 上海南 | 09:16 | 南京南 | 11:53 |
| D3060 | 上海南 | 09:16 | 南京南 | 11:53 |
| D956 | 上海 | 09:30 | 南京南 | 11:21 |
| D957 | 上海 | 09:30 | 南京南 | 11:21 |
| D3060 | 上海虹桥 | 09:46 | 南京南 | 11:53 |
| D3061 | 上海虹桥 | 09:46 | 南京南 | 11:53 |
| D3068 | 上海虹桥 | 10:07 | 南京南 | 12:30 |
| D3069 | 上海虹桥 | 10:07 | 南京南 | 12:30 |
| D9512 | 上海 | 11:47 | 南京 | 16:05 |
| D3006 | 上海虹桥 | 13:53 | 南京南 | 15:59 |
| D3007 | 上海虹桥 | 13:53 | 南京南 | 15:59 |
| D122 | 上海 | 14:13 | 南京 | 16:59 |
| D123 | 上海 | 14:13 | 南京 | 16:59 |
| D3010 | 上海虹桥 | 14:42 | 南京南 | 16:42 |
| D3011 | 上海虹桥 | 14:42 | 南京南 | 16:42 |
| D3142 | 上海虹桥 | 16:01 | 南京南 | 18:08 |
| D3143 | 上海虹桥 | 16:01 | 南京南 | 18:08 |
| D3046 | 上海虹桥 | 16:06 | 南京南 | 18:19 |
| D3047 | 上海虹桥 | 16:06 | 南京南 | 18:19 |
| D3014 | 上海虹桥 | 17:52 | 南京南 | 20:10 |
| D3015 | 上海虹桥 | 17:52 | 南京南 | 20:10 |
| D10 | 上海南 | 21:05 | 南京 | 23:56 |
| D6 | 上海 | 21:15 | 南京 | 23:50 |
| D2282 | 上海虹桥 | 21:25 | 南京南 | 23:19 |
| D9554 | 上海 | 22:18 | 南京 | 00:04 |