| 车次 | 出发站 | 开车时间 | 到达站 | 到达时间 |
| D5401 | 宿迁 | 06:40 | 南京 | 08:50 |
| D5404 | 宿迁 | 06:40 | 南京 | 08:50 |
| D5405 | 宿迁 | 09:54 | 南京 | 12:13 |
| D5408 | 宿迁 | 09:54 | 南京 | 12:13 |
| D5409 | 宿迁 | 11:16 | 南京 | 13:28 |
| D5412 | 宿迁 | 11:16 | 南京 | 13:28 |
| D5413 | 宿迁 | 13:43 | 南京 | 16:12 |
| D5416 | 宿迁 | 13:43 | 南京 | 16:12 |
| D5515 | 宿迁 | 14:47 | 南京南 | 17:05 |
| D5417 | 宿迁 | 14:53 | 南京 | 17:18 |
| D5471 | 宿迁 | 20:10 | 南京南 | 22:23 |
| D5474 | 宿迁 | 20:10 | 南京南 | 22:23 |
| D5475 | 宿迁 | 21:11 | 南京南 | 23:10 |